Trong thời gian qua, Viện BHLÐ đã thực hiện được 51 đề tài và nhiệm vụ KH và CN cấp Nhà nước; 385 đề tài cấp bộ, ngành và cơ sở về ATVSLÐ và bảo vệ môi trường (BVMT). Kết quả nghiên cứu của các đề tài đã đem lại hiệu quả kinh tế - xã hội rõ rệt, nhiều kết quả đã được áp dụng vào thực tiễn, nhân rộng trong nhiều ngành, địa phương, các cơ sở sản xuất (CSSX) trên toàn quốc. Viện đã triển khai ứng dụng 1.069 công trình phục vụ sản xuất góp phần nâng cao năng suất lao động, chăm sóc và bảo vệ sức khỏe NLÐ.

Từ ngày mới thành lập, Viện BHLÐ mới chỉ có một số ít máy móc do Liên Xô (trước đây) tài trợ, đến nay đã có 22 phòng thí nghiệm chuyên ngành đặt tại Hà Nội, Ðà Nẵng và TP Hồ Chí Minh. 40% số phòng thí nghiệm được công nhận là phòng chuẩn VINALAB; một số được coi là tiên tiến nhất Ðông-Nam Á như: Phòng thí nghiệm phân tích và đánh giá môi trường lao động. Ðây là phòng thí nghiệm hàng đầu của nước ta phân tích được hầu hết các yếu tố nguy hiểm, có hại trong môi trường lao động; phòng thí nghiệm sinh lý nhiệt ẩm trong lao động, có thể đánh giá thay đổi sinh lý của NLÐ làm việc trong mọi môi trường lao động với mọi chế độ nhiệt ẩm trên nền khí hậu nhiệt đới; phòng thí nghiệm kỹ thuật ánh sáng là phòng thí nghiệm duy nhất ở nước ta đánh giá về ảnh hưởng của môi trường ánh sáng đến sức khỏe NLÐ; phòng khám sức khỏe nghề nghiệp lưu động đặc chủng...

Ðội ngũ cán bộ là một trong những nhân tố quyết định sự thành công trong nghiên cứu và triển khai kết quả nghiên cứu vào thực tiễn.

Từ chỗ ngày đầu chỉ có 19 cán bộ, đến nay Viện BHLÐ đã có 230 cán bộ công nhân, trong đó có 48 người là PGS, TSKH, TS, ThS; 145 bác sĩ, kỹ sư, cử nhân. Các cán bộ khoa học của viện đều được đào tạo cơ bản với kết quả tốt nghiệp khá, giỏi từ các trường đại học có uy tín ở trong và ngoài nước. Phấn đấu đến năm 2010, toàn viện có thêm mười tiến sĩ, 20 thạc sĩ, đáp ứng yêu cầu nghiên cứu khoa học - kỹ thuật phục vụ yêu cầu của sự phát triển phù hợp  tình hình mới.

Từ năm 1997, khi Nhà nước xếp viện nằm trong danh sách các viện trọng điểm, đầu ngành, viện đã có những bước tiến quan trọng. Các đề tài nghiên cứu khoa học, các dự án sản xuất thử nghiệm đã được triển khai ứng dụng ở nhiều CSSX trong cả nước và được đánh giá cao. Các đề tài, nhiệm vụ khoa học đã thực hiện tập trung nghiên cứu và giải quyết những vấn đề cấp bách của công tác ATVSLÐ và BVMT trong các khu công nghiệp, khu chế xuất và trong các lĩnh vực như: hóa chất, điện lực, thủy sản, xây dựng, các làng nghề... và bước đầu thâm nhập các lĩnh vực nông nghiệp, tiểu thủ công nghiệp, phi kết cấu... nhằm cải thiện ÐKLV, BVMT lao động góp phần bảo vệ sức khỏe NLÐ và phát triển kinh tế của đất nước. Các đề tài KHCN về ATVSLÐ được thực hiện trong giai đoạn này đều đưa ra được những sản phẩm áp dụng rộng rãi cho các CSSX do có tính hiệu quả thiết thực cao, giá cả cạnh tranh. Nhất là các hoạt động KHCN ATVSLÐ này đã đạt được kết quả xuất sắc với 35 công trình nổi bật, có thể chia thành ba nhóm như sau: Nhóm công trình với những sản phẩm là các hệ thống, thiết bị công nghệ. Nhóm công trình nghiên cứu khoa học với kết quả là các phương tiện bảo vệ cá nhân. Nhóm công trình nghiên cứu cơ bản với kết quả là các cơ sở khoa học, các phần mềm quản lý ATVSLÐ và BVMT.

Sản phẩm của các công trình nghiên cứu trong giai đoạn này hầu hết được áp dụng vào phục vụ thực tế đời sống lao động sản xuất, góp phần cải thiện điều kiện làm việc (ÐKLV) và bảo vệ sức khỏe cho NLÐ. Một số sản phẩm có giá trị khoa học và thực tiễn: cỡ số nhân trắc vùng đầu, mặt của người Việt Nam; các rủi ro nguy cơ về ATVSLÐ; phần mềm phòng ngừa chống rung động trong xây dựng; hệ thống đánh giá mũ an toàn công nghiệp, dây đai an toàn với phần mềm tính toán theo tiêu chuẩn của EU; các hệ thống xử lý nước bằng chất xúc tác thế hệ mới, phục vụ nhu cầu nước sinh hoạt và nước uống cho NLÐ vùng cao, vùng sâu, vùng xa với giá thành rẻ, vận hành đơn giản, phù hợp như công trình nước sạch cho NLÐ ở huyện A Lưới (Thừa Thiên - Huế), Ðác Krông (Quảng Trị), Si Ma Cai (Lào Cai), Yên Lập (Phú Thọ)...; đã có tám sản phẩm khoa học và công nghệ triển khai phục vụ sản xuất được đánh giá cao, được trao Huy chương vàng, Cúp vàng chất lượng tại các triển lãm, chợ công nghệ và thiết bị toàn quốc và khu vực.

Ngày 28-1-2006, Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam đã phê duyệt đề án chuyển đổi viện và đã trình Chính phủ thông qua. Phương hướng nhiệm vụ trong thời gian tới của viện được xây dựng trên cơ sở nội dung của đề án đó là: viện có tên gọi mới: "Viện Khoa học Bảo hộ lao động" thuộc Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam với 420 cán bộ, công nhân, viên chức và chia làm hai khối: Khối nghiên cứu cơ bản, chế độ, chính sách hưởng lương ngân sách và khối triển khai ứng dụng KH và CN tự chủ, tự trang trải kinh phí. Nhiệm vụ chính của khối nghiên cứu cơ bản là nghiên cứu các cơ sở khoa học để xây dựng các tiêu chuẩn, định mức, chỉ tiêu, chế độ, chính sách về bảo đảm ATVSLÐ và BVMT; giúp Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam có cơ sở khoa học tham gia với Nhà nước xây dựng chiến lược, chế độ chính sách và các văn bản pháp luật có liên quan; nghiên cứu các biện pháp tổ chức, quản lý, hướng dẫn và triển khai công tác KH và CN ATVSLÐ và BVMT trong hệ thống công đoàn; nghiên cứu đề xuất các giải pháp cải thiện môi trường và điều kiện làm việc, giảng dạy và đào tạo về ATVSLÐ và BVMT cho NLÐ, cán bộ công đoàn và các trường đại học...

Khối triển khai ứng dụng KH và CN ATVSLÐ và BVMT: Bao gồm sáu đơn vị với 260 cán bộ, công nhân, viên chức... Nhiệm vụ chính của khối này là: Triển khai và ứng dụng KH và CN về ATVSLÐ và BVMT nhằm phục vụ sản xuất, bảo vệ NLÐ và nâng cao năng suất lao động; thực hiện các dịch vụ KH và CN, tư vấn, huấn luyện, sản xuất và chuyển giao công nghệ nhằm cải thiện môi trường, điều kiện làm việc và chăm sóc sức khỏe cho người lao động.

Nhiệm vụ trọng tâm của viện từ nay đến năm 2010 đó là: Tập trung vào nghiên cứu các cơ sở khoa học để xây dựng các tiêu chuẩn, định mức, phương pháp tính toán và chỉ tiêu đánh giá về ATVSLÐ và BVMT. Nghiên cứu đề xuất các giải pháp cải thiện môi trường và điều kiện làm việc cho NLÐ. Nghiên cứu đánh giá ảnh hưởng của MTLÐ trong giai đoạn CNH, HÐH đất nước tới sinh lý, bệnh tật NLÐ, giúp cho việc đề xuất các giải pháp phòng tránh, hạn chế và phát hiện, đề xuất cơ sở khoa học để Nhà nước tiếp tục bảo hiểm cho các bệnh nghề nghiệp đã phát sinh trong lao động. Chú trọng vào việc nghiên cứu áp dụng các biện pháp cải thiện môi trường và ÐKLÐ cho NLÐ khu vực sản xuất vừa và nhỏ, ngoài quốc doanh, khu vực nông - lâm - ngư nghiệp và vùng cao, vùng sâu, vùng xa. Nghiên cứu xây dựng các phương pháp, hình thức, nội dung để tăng cường công tác thông tin, tuyên truyền và huấn luyện cho NLÐ, NSDLÐ, cán bộ công đoàn và cán bộ kỹ thuật nhằm nâng cao nhận thức và ý thức về ATVSLÐ và BVMT. Hoàn thành tốt dự án "Nâng cao năng lực nghiên cứu ứng dụng KH và CN ATVSLÐ". Củng cố và tăng cường một số phòng thí nghiệm trọng điểm là thế mạnh của viện, với các trang thiết bị hiện đại, đồng bộ và có tính năng lớn phục vụ công tác nghiên cứu cơ bản. Ðể các phòng thí nghiệm trọng điểm hoạt động có hiệu quả, viện coi công tác đào tạo nguồn nhân lực, khuyến khích học tập, nâng cao trình độ, cử cán bộ đi đào tạo trong và ngoài nước bằng nhiều nguồn vốn khác nhau là một trong những biện pháp quan trọng ưu tiên thực hiện trong thời gian tới.